Thonnyのメニューからインストールすることができます。以下、ライブラリpyxel をインストールする場合を例にして説明します。
Thonnyを起動して、[ツール]→[Manage packages]をクリック。

パッケージ(ライブラリ)をインストールする画面が出てくるので
pyxel と入力
[Search on PyPI]([PyPIでパッケージを検索] )のボタンをクリック


※ここでもしも5.の図のような画面が出たら、pyxelは既にインストールされているので、そのまま閉じてOK。

5.インストールが完了したら、インストールボタンがなくなります。そしたら、[閉じる]ボタンで画面を閉じちゃってOK。

これで、Pyxelもインストール完了です。
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裏技
もし、上記の方法では検索ができなかったりエラーが起きるなど、どうしてもうまくいかない場合、[ツール]→[Open system shell…]をクリックしてコマンドプロンプトの画面(黒いウィンドウ)を出し、そこで ****「python -m pip install 〇〇〇」と打ち込むとインストールできる場合があります。
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